
Faire sa comptabilité en tant qu'auto-entrepreneur : Suivez le guide

En tant qu'auto-entrepreneur, vous n'êtes pas obligé de faire appel à un expert-comptable, ce qui représente une économie significative dans la gestion de votre comptabilité. Cependant, cette liberté s'accompagne de responsabilités importantes qu'il est essentiel de maîtriser.
En effet, la comptabilité auto-entrepreneur implique des obligations précises : la tenue d'un livre des recettes, des déclarations mensuelles ou trimestrielles de chiffre d'affaires et éventuellement des déclarations de TVA selon l’option choisie ou les seuils dépassés, et la conservation des justificatifs pendant 10 ans.
Le non-respect de ces obligations peut entraîner des pénalités, notamment 58,9 € pour chaque déclaration de chiffre d’affaires manquante.
Dans ce guide complet, nous allons vous expliquer étape par étape comment gérer efficacement votre comptabilité d'auto-entrepreneur. Que vous débutiez votre activité ou que vous cherchiez à optimiser vos pratiques actuelles, vous trouverez toutes les informations essentielles pour une gestion comptable conforme et sereine.
Les bases de la comptabilité pour auto-entrepreneur
Le régime de l'auto-entrepreneur, officiellement appelé micro-entrepreneur depuis 2016, vous offre un cadre comptable allégé par rapport aux autres formes juridiques.
Découvrons ensemble les fondamentaux de cette comptabilité simplifiée qui fait le succès de ce statut.
Comprendre le régime fiscal simplifié
Le micro-entrepreneur bénéficie du régime micro-fiscal sans versement libératoire de l’impôt sur le revenu sauf en cas d’option qui constitue la pierre angulaire de sa simplicité administrative.
Dans ce système, votre bénéfice imposable est déterminé de manière forfaitaire par l'administration fiscale.
Pour calculer ce bénéfice, elle applique un abattement automatique sur votre chiffre d'affaires déclaré, qui varie selon votre secteur d'activité :
→ 71% pour les activités de vente de marchandises, fourniture de logement et vente à consommer sur place→ 50% pour les prestations de services commerciales (BIC)
→ 34% pour les prestations de services non commerciales (BNC)
Cet abattement forfaitaire intègre l'ensemble de vos charges professionnelles : cotisations sociales, salaires, loyers, etc..
Une fois calculé, votre bénéfice imposable est soumis à l'impôt sur le revenu avec les autres revenus de votre foyer fiscal.
Par ailleurs, vous pouvez opter pour le versement libératoire de l'impôt sur le revenu, qui vous permet de payer vos impôts en même temps que vos cotisations sociales, sous certaines conditions de revenus.
Les avantages comptables du statut auto-entrepreneur
La comptabilité simplifiée représente l'un des atouts majeurs du régime micro-entrepreneur.
En effet, vous bénéficiez de nombreux allègements :
→ aucune obligation de produire des comptes annuels (bilan et compte de résultat)
→ pas de livres comptables complexes à tenir (grand-livre et livre-journal)
→ aucun besoin d'avancer des cotisations sociales en l'absence de chiffre d'affaires
Ces simplifications vous permettent de gérer votre activité avec plus de souplesse et moins de contraintes administratives.
Toutefois, cette liberté s'accompagne de certaines responsabilités qu'il convient de respecter scrupuleusement.
Quelles sont les obligations comptables essentielles ?
Même si la comptabilité est allégée, vous devez respecter quelques obligations fondamentales :
Tenir un livre des recettes
- Le montant et l'origine des recettes (identité du client)
Le mode de règlement (chèque, espèces, virement...) - Les références des pièces justificatives (numéros de factures)
→ consultez notre article sur la facturation électronique sur auto-entrepreneur.
Tenir un registre des achats
Obligatoire uniquement pour les activités de vente de marchandises, fournitures, denrées à consommer ou prestations d'hébergement.
Déclarer votre chiffre d'affaires
Cette déclaration est à réaliser mensuellement ou trimestriellement à l'Urssaf.
Établir des factures conformes
Des règles existent pour la facturation de vos clients professionnels.
Conserver tous vos justificatifs
Les justificatifs comptables sont à conserver pendant 10 ans.
Ouvrir un compte bancaire
Un compte bancaire dédié à votre activité professionnelle est obligatoire si votre chiffre d'affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives.
Attention, le non-respect de certaines obligations peut entraîner des sanctions. Par exemple, l'oubli de déclaration de votre chiffre d'affaires peut vous exposer à une pénalité de 58,9 € par déclaration manquante.
Faut-il obligatoirement faire appel à un comptable ?
Pour répondre simplement : non. Aucune loi n'impose aux auto-entrepreneurs de faire appel à un expert-comptable. Vous pouvez parfaitement gérer votre comptabilité seul, surtout si votre activité reste modeste.
Cependant, recourir aux services d'un professionnel peut présenter plusieurs avantages :
→ gain de temps considérable que vous pourrez consacrer au développement de votre activité
→ éviter des erreurs administratives et des sanctions associées
→ garantie de conformité avec la réglementation en vigueur
→ conseils personnalisés sur la gestion financière de votre entreprise
Le coût d'un expert-comptable pour un auto-entrepreneur varie généralement entre 400 € et 800 € par an (ce coût n’est toutefois pas déductible car compris dans l’abattement forfaitaire). C'est un investissement à considérer en fonction de la complexité de votre activité et de votre aisance avec les questions administratives.
En définitive, la comptabilité en micro-entreprise (ou auto-entrepreneur au sens fiscal) se distingue par sa simplicité, mais elle impose aussi certaines limites. Elle ne permet pas de déduire les charges réelles engagées. À la place, un abattement forfaitaire (de 34 % pour les prestations de services) est automatiquement appliqué pour couvrir les frais professionnels.
À l’inverse, le régime réel d’imposition, plus complexe, permet une déduction précise des dépenses, y compris le coût de la comptabilité elle-même.
Bien comprendre ces différences vous aidera à choisir l’approche la plus adaptée pour piloter votre activité tout en respectant vos obligations fiscales.
Comment tenir sa comptabilité au quotidien
La réussite d'une micro-entreprise repose largement sur une bonne organisation quotidienne de sa comptabilité d'auto entrepreneur. Même avec un régime simplifié, certaines pratiques sont indispensables pour garantir la conformité de vos documents et faciliter vos déclarations.
Organiser ses documents comptables
Une bonne organisation est la clé d'une comptabilité sans stress. Tout d'abord, créez un système de classement efficace pour tous vos documents comptables, que vous devez conserver pendant 10 ans à partir de la clôture de l'exercice comptable concerné.
En cas de non-respect, vous risquez jusqu'à 3 ans d'emprisonnement et 45 000 € d'amende en cas de falsification.
Pour structurer votre système de classement :
→ rangez vos factures par ordre chronologique,
→ séparez clairement les recettes des dépenses,
→ numérotez systématiquement vos documents,
→ créez des dossiers mensuels ou trimestriels.
Par ailleurs, pensez à réaliser des copies ou sauvegardes numériques de vos documents essentiels. Cette précaution vous protège en cas de perte ou de détérioration des originaux.
Enregistrer ses recettes correctement
L'enregistrement des recettes est une obligation légale pour tout auto-entrepreneur.
Vous devez inscrire chronologiquement chaque encaissement dans votre livre des recettes en mentionnant :
→ le montant et l'origine des recettes (identité du client),
→ le mode de règlement (chèque, espèces, carte bancaire, etc.),
→ les références des pièces justificatives (numérotation des factures).
Une facilité est accordée pour les ventes au détail et services rendus à des particuliers : vous pouvez inscrire ces transactions de manière globale en fin de journée si leur montant unitaire est inférieur à 76 €. De même, lors d'une remise simultanée de plusieurs chèques, vous pouvez n'inscrire que le total du bordereau de remise.
Attention, une fois notées, vos écritures ne peuvent plus être modifiées. Par conséquent, évitez les ratures, suppressions ou zones blanches dans votre livre des recettes.
Suivre ses dépenses professionnelles
Pour les commerçants et fournisseurs de prestations d'hébergement, la tenue d'un registre des achats est obligatoire. Ce registre doit contenir le récapitulatif chronologique par année de tous les achats effectués dans le cadre de votre activité.
Dans ce registre, chaque ligne doit indiquer :
→ la date du paiement
→ le mode de règlement utilisé
→ les références des justificatifs
→ la nature de l'achat
→ le nom du fournisseur
Même si vous n'êtes pas soumis à cette obligation, tenir un registre des achats présente des avantages considérables : meilleure visibilité sur votre rentabilité et justification de vos dépenses en cas de contrôle.
Utiliser un logiciel de comptabilité adapté pour gérer seul sa comptabilité
Aujourd’hui, de nombreux logiciels facilitent la gestion comptable quotidienne des auto-entrepreneurs, en automatisant les tâches chronophages et en réduisant les risques d’erreurs.
Parmi eux, Jungloo se distingue par sa simplicité d’utilisation et ses fonctionnalités complètes.
Il permet notamment :
→ la génération automatique du livre des recettes et du registre des achats,
→ le suivi en temps réel du chiffre d'affaires,
→ le calcul automatique des charges sociales,
→ l’aide à la déclaration de TVA,
→ et prochainement la création de facture (et elles seront conformes à la facturation électronique pour répondre aux futures exigences fiscales).
L'utilisation d'un logiciel de facturation certifié conforme aux normes fiscales NF 525 est obligatoire pour les micro-entrepreneurs. Ces logiciels existent dans différentes gammes de prix, avec des versions gratuites ou des abonnements démarrant généralement à 9€ par mois. Un investissement souvent rentable considérant le temps gagné et la sécurité apportée pour votre comptabilité auto-entrepreneur.
En combinant une bonne organisation, un enregistrement rigoureux de vos recettes et dépenses, et l'utilisation d'outils adaptés, vous simplifierez considérablement votre quotidien d'auto-entrepreneur tout en vous assurant une parfaite conformité avec vos obligations.
La gestion des obligations déclaratives
Au-delà de la comptabilité auto entrepreneur quotidienne, la gestion des obligations déclaratives constitue un pilier fondamental pour rester en conformité avec l'administration fiscale. Ces déclarations régulières vous évitent des sanctions tout en facilitant le suivi de votre activité.
Déclarer son chiffre d'affaires à l'Urssaf
La déclaration de votre chiffre d'affaires à l'Urssaf s'effectue obligatoirement en ligne, selon une périodicité mensuelle par défaut ou trimestrielle sur demande. Cette dernière option doit être choisie dans le mois suivant le début de votre activité.
Pour votre première déclaration, sachez qu'un délai minimum de 90 jours doit s'écouler entre votre début d'activité et cette première déclaration. Par la suite, vous devez déclarer votre chiffre d’affaires avant la fin du mois suivant la période concernée.
N'oubliez pas que même en l'absence de chiffre d'affaires, la déclaration reste obligatoire en inscrivant la mention "Néant".
En cas d'oubli, vous vous exposez à une pénalité de 58,9 € par déclaration manquante, avec des majorations de 5% pour les déclarations mensuelles et 15% pour les déclarations trimestrielles.
Faciliter la gestion de votre TVA avec Jungloo
En tant qu'auto-entrepreneur, vous bénéficiez par défaut de la franchise en base de TVA, ce qui vous dispense de facturer, déclarer et payer cette taxe.
Toutefois, cette exonération est soumise à des seuils de chiffre d'affaires :
→ pour les activités de vente : 85 000 € (avec un seuil majoré de 93 500 €),
→ pour les prestations de services : 37 500 € (avec un seuil majoré de 41 250 €).
Par ailleurs, même en franchise de TVA, vous devez mentionner sur vos factures : "TVA non applicable, art. 293 B du CGI". De plus, si vous réalisez des opérations avec d'autres pays de l'Union européenne, un numéro de TVA intracommunautaire peut être nécessaire.
Consultez notre article sur l'exonération de TVA pour les professions libérales
Remplir sa déclaration de revenus annuelle
En complément des déclarations de chiffre d'affaires, vous devez chaque année déclarer vos revenus professionnels dans votre déclaration de revenus personnelle.
Pour cela, utilisez le formulaire complémentaire n°2042-C Pro, en indiquant le montant total de votre chiffre d'affaires dans la rubrique correspondant à votre activité.
L'administration fiscale appliquera ensuite automatiquement un abattement forfaitaire pour frais professionnels variant selon votre activité : 71% pour les ventes, 50% pour les services BIC et 34% pour les activités BNC. Ce montant forfaitaire ne peut être inférieur à 305 euros.
Même si vous avez opté pour le versement libératoire, vous devez reporter votre chiffre d'affaires dans la déclaration, dans la case prévue à cet effet. Ces revenus ne seront pas imposés une seconde fois, mais serviront à déterminer votre taux d'imposition global.
En suivant scrupuleusement ces obligations déclaratives, vous éviterez non seulement les sanctions, mais vous disposerez également d'une vision claire et précise de l'évolution de votre activité d'auto-entrepreneur.
Obtenez vos documents comptables en un clic avec Jungloo
La comptabilité de l'auto entrepreneur s'articule autour de plusieurs documents officiels que vous devez impérativement maintenir à jour. Maîtriser ces obligations documentaires vous évite des sanctions tout en structurant efficacement votre activité entrepreneuriale.
Le livre des recettes : comment le tenir ?
Le livre des recettes est obligatoire pour tous les auto-entrepreneurs sans exception.
Ce document chronologique doit mentionner :
→ la date d'encaissement
→ la référence du justificatif (numéro de facture)
→ l'identité du client
→ la nature de la prestation
→ le montant encaissé
→ le mode de règlement (espèces, chèque, virement)
Pour les ventes au détail et services à des particuliers, vous pouvez regrouper les opérations en fin de journée si leur montant unitaire est inférieur à 76€. Attention, ce registre ne doit contenir aucune rature ni modification ultérieure.
Le registre des achats : qui est concerné ?
Ce document n'est obligatoire que pour deux catégories d'auto-entrepreneurs :
→ les commerçants vendant des marchandises, objets, fournitures ou denrées,
→ les fournisseurs de prestations d'hébergement
Vous devez y recenser chronologiquement vos dépenses professionnelles en indiquant la date, le fournisseur, la nature de l'achat, le montant et le mode de paiement. Bien que facultatif pour les autres activités, ce registre facilite grandement le suivi de votre rentabilité.
La facturation : règles et mentions obligatoires
Vos factures doivent obligatoirement comporter :
→ vos coordonnées complètes avec numéro SIRET,
→ la date d'émission et numéro unique de facture,
→ la mention "EI" ou "Entrepreneur Individuel",
→ la description détaillée des biens ou services fournis,
→ le montant avec la mention "TVA non applicable, art. 293 B du CGI".
En effet, depuis le 15 mai 2022, tous les auto-entrepreneurs doivent ajouter la mention "EI" ou "Entrepreneur Individuel" avant ou après leur nom et prénom sur leurs documents commerciaux.
Conservation des documents : durée et méthodes
Tous vos documents comptables doivent être conservés pendant 10 ans à compter de la clôture de l'exercice. Cela inclut le livre des recettes, le registre des achats, les factures et tous les justificatifs associés.
Vous pouvez opter pour un archivage papier ou numérique. La valeur probante d'un document numérisé est identique à celle de l'original papier, à condition d'utiliser un système garantissant l'intégrité des données. En cas de non-présentation lors d'un contrôle, vous risquez une amende de 1 500 €, pouvant être portée à 25 000 €.
Optimiser sa gestion comptable
Pour gagner en efficacité dans votre activité d'auto-entrepreneur, l'optimisation de votre gestion comptable est un levier essentiel. Bien au-delà des simples obligations légales, adopter les bonnes pratiques vous permettra de consacrer plus de temps à votre cœur de métier.
Ouvrir un compte bancaire dédié : quand et pourquoi ?
Depuis la loi PACTE de 2019, l'ouverture d'un compte bancaire dédié est obligatoire uniquement si votre chiffre d'affaires dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives. Cependant, même sans cette obligation, un compte séparé présente de nombreux avantages. Il vous permet de distinguer clairement vos transactions professionnelles et personnelles, facilitant ainsi la justification de vos opérations lors d'un contrôle fiscal.
Par ailleurs, un compte bancaire dédié n'est pas nécessairement un compte professionnel. Un simple compte courant à votre nom peut suffire, à condition qu'il soit exclusivement utilisé pour votre activité. Cette séparation favorise également une meilleure visibilité sur votre trésorerie et simplifie grandement la gestion de votre micro-entreprise.
Choisir les bons outils numériques
Fini le temps des tableurs Excel ! Les logiciels de comptabilité spécialement conçus pour les auto-entrepreneurs vous font gagner un temps précieux en automatisant de nombreuses tâches administratives.
Ces outils vous permettent notamment de :
→ générer automatiquement des devis et factures conformes
→ suivre en temps réel votre chiffre d'affaires et vos encaissements
→ télétransmettre vos déclarations à l'URSSAF
→ télétransmettre vos déclarations de TVA, le cas échéant
Lorsque vous choisissez votre logiciel, tenez compte de vos besoins spécifiques et de votre budget. Certaines solutions proposent des versions gratuites avec des fonctionnalités limitées, tandis que d'autres offrent des abonnements complets à partir d'une dizaine d'euros par mois. L'investissement reste généralement modeste face au temps gagné et à la sécurité apportée.
Anticiper les contrôles fiscaux
La meilleure façon de préparer un contrôle fiscal est de tenir une comptabilité rigoureuse dès le départ.
Assurez-vous que votre livre des recettes est correctement tenu et que vos factures respectent toutes les mentions obligatoires.
En cas de contrôle, l'administration fiscale s'intéressera particulièrement à la cohérence entre vos déclarations et vos documents comptables. Un compte bancaire dédié facilitera grandement cette vérification en évitant toute confusion entre vos revenus personnels et professionnels.
Enfin, pensez à conserver tous vos justificatifs comptables pendant la durée légale de 10 ans. L'organisation de ces documents, qu'elle soit physique ou numérique, vous épargnera bien des difficultés en cas de contrôle.
En définitive, la gestion comptable d'une auto-entreprise demande une organisation méthodique, même si le régime reste simplifié par rapport aux autres statuts juridiques. Les obligations essentielles - livre des recettes, déclarations régulières, conservation des documents - constituent le socle d'une comptabilité saine et conforme.
Ainsi, la maîtrise de ces fondamentaux comptables vous permet non seulement d'éviter les sanctions administratives, mais aussi de piloter efficacement votre activité. L'utilisation d'outils numériques adaptés et la mise en place de bonnes pratiques organisationnelles allègent considérablement la charge administrative quotidienne.
Par ailleurs, la séparation claire entre vos finances personnelles et professionnelles, notamment via un compte bancaire dédié, représente un atout majeur pour une gestion sereine. Cette distinction facilite le suivi de votre trésorerie et simplifie les éventuels contrôles fiscaux.
Enfin, n'oubliez pas que la réussite de votre auto-entreprise repose sur un équilibre entre le respect des obligations légales et l'optimisation de votre temps. Certainement, la comptabilité ne doit pas devenir un frein à votre développement, mais plutôt un outil de pilotage pour faire prospérer votre activité.