Saviez-vous qu'un logiciel de comptabilité peut vous coûter jusqu'à 5 fois moins cher qu'un expert-comptable, dont les honoraires s'élèvent à environ 1 500€ par an ?
Ce comparatif de logiciel de comptabilité arrive à point nommé, alors que de plus en plus de professionnels libéraux décident de gérer eux-mêmes leur comptabilité, attirés par les économies substantielles et l'autonomie qu'offrent ces solutions.
En effet, les solutions comptables en ligne sont en plein essor en France, notamment parce que confier sa comptabilité à un expert-comptable n'est pas une obligation légale. De plus, ces logiciels simplifient considérablement la tenue des comptes et permettent de réaliser votre liasse fiscale en quelques heures seulement.
Dans ce guide complet, nous analyserons les meilleures solutions du marché, avec des prix variant d'une dizaine d'euros à plus de 80 € par mois.
Vous découvrirez les fonctionnalités essentielles comme la synchronisation bancaire, la gestion des notes de frais et l'édition de déclarations fiscales, pour choisir l'outil le plus adapté à votre activité libérale.
Les besoins comptables spécifiques des professions libérales en 2025
En 2025, les professions libérales font face à des exigences comptables qui évoluent constamment.
Que vous soyez consultant, professionnel de santé ou avocat, la maîtrise de ces spécificités est devenue indispensable pour optimiser votre gestion financière.
Contrairement aux idées reçues, les logiciels de comptabilité modernes vous permettent désormais de répondre efficacement à ces obligations sans nécessairement recourir à un expert-comptable.
Les obligations fiscales à connaître
Le choix du régime fiscal influence directement vos obligations comptables.
Depuis 2025, une réforme majeure introduit une assiette unique pour toutes les cotisations sociales des professionnels libéraux. Cette assiette est calculée sur votre revenu professionnel, après déduction des charges et application d'un abattement forfaitaire de 26%.
Si vous êtes en micro-BNC (avec un chiffre d'affaires inférieur à 77 700€), vos obligations restent minimales : tenue d'un livre des recettes et conservation des justificatifs. En revanche, vous n'êtes pas dispensé de la déclaration 2042-C-PRO.
Pour ceux en déclaration contrôlée, les exigences sont plus importantes :
→ Tenue d'une comptabilité de trésorerie complète→ Établissement d'un livre journal et d'un registre des immobilisations
→ Déclaration n°2035 en plus de la déclaration de revenus habituelle
Par ailleurs, l'année 2025 marque la suppression de la réduction d'impôt pour frais de comptabilité pour les adhérents à un OGA, ces dépenses devenant de simples charges professionnelles.
Toutefois, vous pouvez optimiser votre fiscalité grâce à plusieurs dépenses déductibles. Parmi les principales figurent les frais de local professionnel, les frais de véhicule (choix entre frais réels et barème kilométrique), les cotisations sociales et les frais de formation.
📍 Complétez votre lecture avec "Déclaration n°2035 : document incontournable des professions libérales".
La gestion des notes de frais et justificatifs
La gestion efficace des notes de frais représente un enjeu crucial pour les professionnels libéraux. Une note de frais doit mentionner l'identité du fournisseur, la date d'achat, le descriptif de l'achat et la TVA. Chaque note doit impérativement être accompagnée de justificatifs prouvant la dépense.
D'après une étude de Concur, la gestion manuelle d'une note de frais prend en moyenne 27 minutes; temps que les logiciels spécialisés permettent de réduire de plus de moitié. De plus, ils facilitent considérablement le calcul des indemnités kilométriques et la numérisation des justificatifs.
En effet, la digitalisation des notes de frais offre de nombreux avantages : diminution des erreurs, réduction des risques de fraude, accélération des remboursements et sécurisation des données de l'entreprise. C'est pourquoi des solutions comme Indy, avec son module de facturation gratuit, connaissent un succès grandissant.
Le suivi de trésorerie et facturation
La trésorerie constitue le flux d'argent de votre entreprise, regroupant encaissements et décaissements. Une bonne gestion de trésorerie vous permet de vous consacrer sereinement au développement de votre activité.
Pour assurer cette gestion, créez un tableau de bord mensuel de vos revenus et dépenses prévisionnels. Cela vous aidera à identifier les périodes creuses et à anticiper d'éventuelles difficultés. Ainsi, vous pourrez ajuster vos dépenses et savoir quand chercher de nouvelles sources de revenus.
En outre, l'automatisation de vos opérations récurrentes (prélèvements pour loyer, assurances, abonnements) évite les majorations et frais de retard.
Les indicateurs clés à surveiller sont simples : d'un côté, les recettes encaissées par le paiement des factures ; de l'autre, les dépenses réalisées pour votre activité. Parmi ces dernières, n'oubliez pas la CFE, cotisations sociales et diverses charges courantes.
Enfin, en matière de facturation, rappelez-vous qu'une facture doit être conservée pendant 10 ans en cas de contrôle de l'administration fiscale. Les logiciels de comptabilité permettent non seulement d'éditer facilement vos factures mais aussi de gérer les relances clients, élément essentiel pour maintenir une trésorerie saine.
Top 5 des logiciels de comptabilité pour professions libérales
Pour faire face aux défis comptables des professions libérales, plusieurs logiciels se distinguent en 2025 par leur capacité à automatiser les tâches complexes tout en restant accessibles.
Notre analyse comparative révèle les forces et faiblesses des principaux acteurs du marché français.
Jungloo : l’automatisation comptable avec un accompagnement humain
Parmi les nouveaux acteurs qui bousculent le marché, notre logiciel Jungloo se distingue par son positionnement hybride, entre solution automatisée et accompagnement personnalisé. Pensé pour les indépendants et professions libérales, Jungloo propose une interface simple et intuitive permettant de suivre sa comptabilité en temps réel, prochainement créer des factures conformes (avec certification à valeur probante), préparer ses déclarations fiscales, et surveiller les seuils pour anticiper un changement de régime (micro-BNC ou déclaration contrôlée).
Contrairement à d’autres solutions purement automatisées, Jungloo ne se présente pas comme un cabinet d’expertise comptable. Cependant, la plateforme met à disposition des référents spécialisés, issus de formations comptables et experts en fiscalité, pour accompagner les utilisateurs tout au long de leur parcours. Cette approche humaine, combinée à des outils performants, permet de sécuriser sa gestion tout en gardant un coût maîtrisé.
Enfin, Jungloo travaille actuellement à sa certification pour la facturation électronique, anticipant les obligations fiscales à venir dès 2026. Une solution à considérer pour celles et ceux qui cherchent à gagner en autonomie, sans pour autant se retrouver seuls face à leurs obligations comptables.
Jungloo se synchronise à votre banque pour remonter vos opérations bancaires; catégorise automatiquement recettes et dépenses, et le fait très finement; retraite les dépenses de type repas; met à disposition vos documents comptables ainsi qu'un tableau de bord tout-en-un; facilite votre TVA; et génère vos déclarations fiscales.
Comptez 10€ au régime micro-BNC, 15€ pour les LMNP; 20€ pour le BNC (et c'est TTC !).
Indy : la solution tout-en-un qui a révolutionné le marché
Créé en 2016, Indy s'est imposé comme le leader des solutions comptables pour professions libérales avec plus de 100 000 utilisateurs actifs. Ce logiciel se démarque par son approche globale qui combine comptabilité automatisée, facturation et compte professionnel gratuit.
L'automatisation constitue son atout majeur : Indy se synchronise avec votre banque pour récupérer vos transactions et les classe automatiquement dans les bonnes catégories comptables à 90%.
Côté tarification, Indy propose une formule gratuite incluant le compte pro, la comptabilité de base et la facturation. Il sera nécessaire de souscrire à un abonnement pour accéder aux déclarations obligatoires et à l'accompagnement premium (comptez 22€ / mois pour les entreprises individuelles).
JD2M : fonctionnalités et limites pour les indépendants
JD2M (Je Déclare Mon Meublé) se positionne comme une solution spécialisée pour les loueurs en meublé non professionnels (LMNP) et professionnels (LMP). Contrairement aux solutions généralistes, ce logiciel se concentre exclusivement sur les problématiques comptables liées à l'immobilier.
Le logiciel offre deux formules distinctes : l'offre "Essentielle" permet d'utiliser le logiciel en totale autonomie, tandis que l'offre "Intégrale" inclut l'accompagnement d'un expert-comptable dédié. L'interface intuitive facilite notamment le calcul automatique des amortissements immobiliers, point crucial pour les LMNP.
Cependant, JD2M présente certaines limites : l'absence d'intégration bancaire directe oblige à saisir manuellement les transactions. De plus, son champ d'application reste restreint aux activités de location meublée.
Shine et Qonto : quand banque et comptabilité fusionnent
Ces deux néobanques françaises ont développé des solutions hybrides qui simplifient considérablement la gestion financière des professions libérales. Leur approche : fusionner compte bancaire professionnel et outils comptables dans une interface unique.
Qonto se distingue par sa connectivité étendue avec plus de 40 outils comptables. Pour les professions libérales gérant de nombreuses notes de frais, Qonto offre un avantage avec ses cartes physiques, virtuelles et éphémères, toutes paramétrables avec des plafonds ajustables.
De son côté, Shine est compatible avec 30 outils comptables, qui proposent des fonctionnalités particulièrement adaptées aux indépendants, comme la possibilité d'éditer des factures, de les associer à une transaction, de disposer d'un "estimateur de cotisations pour les micro entreprises"... Autre atout non négligeable : son service client a été élu "Service client de l'année 2025".
Ces solutions proposent des versions gratuites pour les fonctionnalités de base, mais les fonctionnalités avancées nécessitent des abonnements premium.
Décla.fr : l'alternative spécialisée pour les déclarations fiscales
Fondée par des fiscalistes, Décla.fr offre une approche différente en se concentrant essentiellement sur les déclarations fiscales des SCI et des LMNP. Cette plateforme permet de générer automatiquement votre liasse fiscale et de la télétransmettre directement aux impôts, sans passer par un expert-comptable.
La solution propose deux modes pour les déclarations LMNP : le mode simplifié à 219€ TTC et le mode FEC (Fichier des Écritures Comptables) à 249€ TTC.
Pour les SCI, un tarif unique de 119€ TTC s'applique, quel que soit le nombre de biens détenus.
L'avantage majeur de Décla.fr réside dans sa simplicité d'utilisation : en répondant à une série de questions, vous générez automatiquement des documents conformes aux exigences de l'administration fiscale. Son partenariat officiel avec la Direction générale des finances publiques (DGFiP) garantit la conformité des déclarations produites.
Comparatif des tarifs et fonctionnalités essentielles
Le choix d'un logiciel comptable adapté à votre profession libérale dépend non seulement des fonctionnalités disponibles, mais aussi du budget que vous souhaitez y consacrer. Un comparatif détaillé des logiciels de comptabilité vous permettra d'identifier la solution offrant le meilleur rapport qualité-prix pour vos besoins spécifiques.
Tarification des solutions populaires
Alors qu'un expert-comptable vous coûtera environ 1 500€ par an, les logiciels comptables représentent une alternative jusqu'à cinq fois moins chère. Les tarifs varient considérablement selon les prestations incluses.
Indy propose deux formules pour les entreprises individuelles : une version gratuite sans les déclarations obligatoires, et une à 22€/mois incluant ces déclarations et un accompagnement premium.
Dougs, bien que performant, propose des formules à 49 €/mois et 79 €/mois pour les entreprises individuelles, incluant un accompagnement comptable illimité. Cependant, pour bénéficier d’un suivi personnalisé avec un interlocuteur dédié, il est nécessaire d’opter pour le pack supérieur à 129 €/mois.
Pennylane se positionne sur le segment premium avec son module comptable à 79€/mois, tandis que ComptaSanté offre deux formules avec expert-comptable dédié : le forfait Zen à 75€/mois et le forfait Confort à 85€/mois.
Pour les petits budgets, Jungloo se démarque avec une formule accessible à 10€ TTC / mois pour les micro-entrepreneurs, 20€ TTC / mois pour les professionnels au régime réel (15€ TTC/ Mois pour les LMNP).
Rapport qualité-prix : ce qui fait vraiment la différence
Au-delà du prix affiché, plusieurs éléments déterminent la réelle valeur d'un logiciel comptable. D'abord, vérifiez que la solution s'adresse spécifiquement à votre statut juridique. En effet, certains logiciels comme Freebee (à partir de 12,50€/mois, pour une micro-entreprise) sont spécialement conçus pour les freelances.
Par ailleurs, méfiez-vous des coûts cachés.
Certains logiciels promettent beaucoup mais facturent en supplément des prestations essentielles comme l'édition de la déclaration 2035 ou la télétransmission de la liasse fiscale.
L'automatisation constitue un facteur déterminant dans le rapport qualité-prix. Les fonctionnalités qui font vraiment la différence incluent :
→ la synchronisation avec votre compte bancaire professionnel,→ l'import automatique des données et documents,
→ la génération automatique des déclarations fiscales,
→ un tableau de bord intuitif pour suivre vos performances.
En parallèle, consultez les avis de vos pairs sur des plateformes comme Trustpilot ou les réseaux sociaux. Ces retours d'expérience vous orienteront vers la solution la plus adaptée à votre profession.
Enfin, considérez le temps gagné comme un critère majeur de votre comparatif de logiciels comptables. Les solutions comme Jungloo peuvent vous faire économiser plusieurs heures par mois grâce à l'automatisation des tâches répétitives, un bénéfice qui justifie souvent l'investissement.
Comment choisir le logiciel comptable adapté à votre profession
Chaque profession libérale présente des particularités qui influencent le choix d'un logiciel comptable adapté. La comparaison des logiciels de comptabilité doit prendre en compte vos besoins spécifiques pour maximiser votre productivité et minimiser les erreurs de gestion.
Pour les consultants et formateurs
Les consultants et formateurs doivent privilégier les logiciels offrant une gestion efficace du temps passé sur chaque mission.
La formation étant essentielle, optez pour des solutions avec une prise en main rapide et des tutoriels intégrés.
Par ailleurs, recherchez une interface intuitive permettant de suivre facilement vos projets clients et de générer des factures personnalisées. Chez Jungloo, la facturation c'est pour bientôt.
Pour les professionnels de santé
La comptabilité des professionnels de santé requiert des fonctionnalités spécifiques.
Des solutions spécialisées comme Self-Med permettent de trier et classer automatiquement jusqu'à 98% des flux bancaires, vous libérant ainsi du temps pour vos patients.
Ces logiciels dédiés intègrent également la gestion des flux NOEMIE de tiers payant et les particularités fiscales du secteur médical.
Toutefois, comme pour Self-Med, certains outils ne semble pas adapté si le professionnel souhaite un accompagnement comptable. Il est indispensable de rechercher un outil qui comprend vos problématiques métiers spécifiques : immobilisations, frais de déplacement, gestion en SCM...
Pour les avocats et juristes
Les cabinets d'avocats bénéficient de logiciels spécifiques, souvent référencés par le Conseil National des Barreaux (CNB). Douze éditeurs sont officiellement reconnus, dont Lexis PolyOffice qui propose une bibliothèque de plus de 9 500 modèles d'actes juridiques.
Privilégiez une solution intégrant des fonctionnalités de gestion des dossiers clients et de suivi du temps passé sur chaque affaire. La sécurité étant primordiale, vérifiez que le logiciel utilise des protocoles avancés pour protéger les données sensibles de vos clients. L'interopérabilité avec d'autres logiciels juridiques constitue également un critère déterminant.
Pour les architectes et professions techniques
Les architectes recherchent des outils permettant de gérer efficacement les projets par phases. Des solutions comme Everwin GX-MOE offrent le suivi des budgets à la phase ou à l'affaire, ainsi que la gestion des cotraitants et sous-traitants.
De même, OOTI se distingue par sa conception spécifique pour les architectes, sans nécessiter d'adaptation à d'autres secteurs. Ces logiciels facilitent également l'édition automatique des situations d'avancement et le pilotage du plan de charge par ressources. Avant de choisir, assurez-vous que la solution permet de générer facilement vos déclarations fiscales spécifiques.
Les alternatives aux logiciels de comptabilité classiques
Malgré l'essor des logiciels de comptabilité, certains professionnels libéraux préfèrent explorer d'autres options pour gérer leurs finances. Ces alternatives méritent d'être examinées pour déterminer la solution la plus adaptée à votre profil.
Faire appel à un expert-comptable : avantages et inconvénients
L'expert-comptable reste une valeur sûre pour les professions libérales soucieuses de déléguer entièrement leur comptabilité.
Son principal atout ? La tranquillité d'esprit. En effet, ce professionnel prend en charge l'ensemble de vos obligations comptables, depuis la saisie des transactions jusqu'aux déclarations fiscales.
Par ailleurs, l'expert-comptable vous apporte des conseils personnalisés pour optimiser votre situation fiscale et vous orienter vers le régime le plus avantageux. Sa connaissance approfondie des normes vous protège également contre d'éventuels redressements fiscaux.
Toutefois, cette option présente deux inconvénients majeurs. D'abord, son coût, généralement estimé à environ 1.500€ par an, soit 2 à 5 fois plus qu'un logiciel de comptabilité. Ensuite, vous perdez en partie le contrôle direct sur votre gestion financière quotidienne.
Ces points sont particulièrement importants si vous envisagez des alternatives à Indy ou d'autres logiciels populaires sur le marché, comme Jungloo.
Les solutions hybrides : logiciel + accompagnement
Entre autonomie totale et délégation complète, les solutions hybrides gagnent en popularité. Ces offres combinent un logiciel de comptabilité et l'accompagnement d'un expert-comptable à la demande.
Concrètement, vous utilisez une application intuitive pour suivre vos finances au quotidien, tandis que l'expert-comptable; ou les équipes d'assistances, pour certains logiciel en ligne; interviennent sur les aspects techniques comme les déclarations fiscales. Ce compromis vous permet de rester impliqué dans votre gestion tout en bénéficiant d'un filet de sécurité professionnel.
Parmi ces solutions, Pennylane se distingue en offrant une intégration bancaire en temps réel, la gestion des factures et l'accès à des experts-comptables dédiés.
D'autres cabinets mettent également à disposition des logiciels pour leurs clients, facilitant ainsi l'échange de données.
A noter que la SAS Pilotz, à l'origine de Jungloo, met à disposition son logiciel en marque blanche pour les cabinets comptables. L'opportunité pour eux de gagner du temps avec les plus petits dossiers et offrir une interface à leurs clients aux couleurs de leur cabinet.
Une autre approche consiste à partager les tâches : vous gérez la saisie comptable en interne via un logiciel, puis déléguez les opérations complexes comme le bilan annuel à un expert-comptable ou à un organisme de gestion (comme Arcolib).
Cette méthode peut générer des économies substantielles tout en sécurisant les étapes critiques de votre comptabilité.
En définitive, le choix d’un logiciel de comptabilité adapté à votre profession libérale constitue un levier stratégique pour 2025. Les solutions comme Indy, JD2M, Shine, Qonto, Décla.fr, ou encore Jungloo, proposent chacune des fonctionnalités ciblées, en fonction de vos besoins fiscaux, de votre niveau d’autonomie, ou encore de votre secteur d’activité.
La comparaison des prix et des services révèle des économies substantielles face aux honoraires d’un cabinet comptable classique, tout en vous donnant la possibilité de piloter plus finement votre activité. Certains outils misent sur l’automatisation à grande échelle, d’autres – comme Jungloo – privilégient une approche équilibrée, mêlant technologie et accompagnement humain via des référents issus de formations comptables.
Dans tous les cas, ces solutions digitales redessinent le paysage de la comptabilité libérale en la rendant plus simple, plus fluide et plus accessible. Elles vous permettent surtout de recentrer votre énergie sur votre cœur de métier, tout en assurant la conformité de votre gestion financière.
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